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युगांडा के प्रमुख कर आयकर, व्यक्तिगत और व्यवसाय दोनों हैं, और मूल्य वर्धित कर (वैट)। अन्य उप-सहारा अफ्रीकी देशों की तुलना में, जो औसतन राजस्व में सकल घरेलू उत्पाद (जीडीपी) का लगभग 23 प्रतिशत एकत्र करते हैं, युगांडा के कर कम हैं, जिसमें 2008-2009 के वित्तीय वर्ष में सकल घरेलू उत्पाद का 11.9 प्रतिशत शामिल है।
व्यक्तिगत आयकर
युगांडा के निवासियों को अपनी विश्वव्यापी आय पर व्यक्तिगत आयकर का भुगतान करना आवश्यक है। इसके अतिरिक्त, युगांडा के गैर-निवासी जिनकी आय युगांडा के स्रोतों से आती है उन्हें कर का भुगतान करना आवश्यक है। कर के प्रयोजनों के लिए, लोगों को युगांडा के निवासी माना जाता है यदि उनके पास देश में एक स्थायी घर है, अगर वे एक युगांडा कर्मचारी या विदेश में तैनात अधिकारी हैं, अगर वे कर वर्ष से बाहर 183 दिनों के लिए युगांडा में मौजूद हैं या यदि वे लगातार तीन वर्षों तक प्रति वर्ष औसतन 122 दिनों के लिए युगांडा में मौजूद हैं।
व्यापार आयकर
युगांडा निवासी व्यवसायों की दुनिया भर में आय पर भी कर लगाता है। व्यक्तिगत आय करों के साथ, गैर-निवासी कंपनियों को केवल युगांडा में स्रोतगत आय पर कर लगाया जाता है। खनन कंपनियों के अलावा अन्य सभी व्यवसायों के लिए कर की दर 30 प्रतिशत है। खनन कंपनियों के लिए आयकर की गणना एक फार्मूले का उपयोग करके की जाती है और यह कंपनी की प्रभार्य आय और सकल राजस्व पर निर्भर है, लेकिन कर की दर कम से कम 25 प्रतिशत और अधिकतम 45 प्रतिशत होनी चाहिए।
युगांडा ने छोटे व्यवसायों के लिए पांच मिलियन और पचास मिलियन युगांडा शिलिंग के बीच वार्षिक बिक्री के साथ विशेष कर दरों का निर्धारण किया है। ये विशेष दरें व्यवसाय की सकल आय के आधार पर निर्धारित की जाती हैं।
मूल्य वर्धित कर
किसी कर योग्य व्यक्ति द्वारा की गई प्रत्येक कर योग्य आपूर्ति, प्रत्येक आयातित अच्छा और किसी भी व्यक्ति को किसी भी आयातित सेवाओं की आपूर्ति पर मूल्य वर्धित कर (वैट) की आवश्यकता होती है। कर योग्य आपूर्ति एक कर योग्य व्यक्ति की व्यावसायिक गतिविधि के तहत किए गए सामान या सेवाएं हैं। कर योग्य व्यक्ति वे लोग हैं जो वर्ष के तीन कैलेंडर महीनों के दौरान वार्षिक पंजीकरण सीमा के एक-चौथाई मूल्य पर कर योग्य आपूर्ति करने या बनाने की अपेक्षा करते हैं। कर योग्य व्यक्तियों को पंजीकृत होना चाहिए। जुलाई 2010 तक, वार्षिक पंजीकरण सीमा पचास मिलियन युगांडा शिलिंग है। युगांडा में वैट की मानक दर 18 प्रतिशत है।